Новгородская железная дорога изначально строилась с узкой колеёй. Строительство от станции Чудово-Московское до Новгорода началось 24 апреля 1870 года на основании концессии акционерного общества «Новгородская железная дорога» и открыта уже 18 мая 1871 г. Протяжённость новой линии составила 69 вёрст (73 км). Вокзал станции Новгород был построен на средства петербургского купца А. И. Варгунина и располагался совсем не там где находится существующий вокзал, а недалеко от церкви Фёдора Стратилата на Щиркове, за земляным валом. Теперь это район улицы Германа, бывшей Гужевой, около ликёро-водочного завода (ныне ОАО «Алкон»). Прежнее название улицы происходило от гужевого транспорта, который был главной приметой улицы, где размещались железнодорожные, винно-водочные и сенные склады.
12 июня 1878 г. было пущено движение по продолжению этой ветки от Новгорода до Старой Руссы.
В 1916 году введена в эксплуатацию широкая колея и уложена линия Луга — Новгород. В 1926 году принята в эксплуатацию линия Павловск — Новгород.
В годы Второй мировой войны Новгород был почти полностью разрушен, сгорело и одноэтажное деревянное здание железнодорожного вокзала. Судьба железнодорожной линии Новгород — Старая Русса также оказалась печальна. В годы Великой Отечественной войны железная дорога интенсивно разрушалась сначала партизанами, а после — отступавшими немецкими войсками. В марте 1944 года подразделения 30-й отдельной железнодорожной бригады восстановили участки Старая Русса — Анишино (около 5 км) и Новгород — Панковка (около 6 км), затем работы по восстановлению железной дороги прекратились и уже никогда не возобновлялись. Восстановленный участок Старая Русса — Анишино позднее был разобран.
21 января 1953 года построен и открыт новый новгородский железнодорожный вокзал, который стал одним из первых крупных общественных зданий, возникших после войны. При этом он был задуман как «ворота города», как собирательный образ древнего Новгорода — образ, соединяющий в себе архитектуру новгородских звонниц, белых Врат, монастырских стен с рельефами ладьи и Александра Невского — воителя. В 1991 году линия Чудово-Московское — Новгород, а также весь Новгородский узел были электрифицированы постоянным током. Планировалось к запуску моторвагонное депо и электрификация остальных направлений, но в связи с политическими событиями планам не суждено было сбыться.
на Чудово-Московское
71 Чудово-Новгородское
65 9 километр
62 Лядно
56 Трегубово
48 Спасская Полисть
43 30 километр
36 Мясной Бор
22 Подберёзье
16 58 километр (Витка)
. Акрон на Вяжище (разобрано)
. Кречевицы
10 Разъезд 64 километр
5 Предузловая-Павловская
. линия на Новолисино
. Новгород-депо
. линия на Батецкую
1 Менделеевская
. линия на Крестцы, Валдай (разобрано)
. Великий Новгород (Новгород-на-Волхове)
.
линия на Шимск, Сольцы, Старую Руссу (разобрано)